شاخه قارچها (Eumycota) بر اساس نوع تولید مثل جنسی یا مرحله کامل (تلئومرف ) به چهار زیر شاخه زیر تقسیم می شوند:

1- زیگومایکوتینا (zygomycotina): در این قارچها میسلیوم فاقد دیواره عرضی است. تولید مثل غیر جنسی با ایجاد اسپورانژیوم و تولید مثل جنسی با ایجاد سلولهای جنسی بنام زیگوسپورمشخص میشود.

2- آسکومایکوتینا (Ascomycotina): در تولید مثل جنسی این قارچها اندامی بنام آسک (Asci) که درون آن اسپورهای جنسی بنام آسکوسپور ایجاد میشود،دیده شده  و در تولید مثل غیر جنسی کونیدی ایجاد میشود (Conidium:مفرد،  Conidia:جمع )

3- بازیدیومایکوتینا (Basidiomycotina):در تولید مثل غیر جنسی این قارچها نیز کنیدی ایجاد میشود و در تولید مثل اندامی بنام بازیدسپور در روی آن ایجاد میشود

4- دوترومایکوتینا (Deutromycotina) یا قارچهای ناقص (Imperfect fungi): شامل قارچهایی هستند که در آنها تولید مثل جنسی ناشناخته مانده. تولید مثل غیر جنسی در آنها نیز با ایجاد کنیدی میباشد اکثر قارچهای بیماریزا در پزشکی جزء  این زیر شاخه قرار میگیرند